Ved præsidentvalget i 1928 vandt Hoover let den republikanske nominering, trods manglende erfaring som folkevalgt. USA var på højden af en økonomisk boble, da Hoover trådte til, hvilket lettede hans jordskredssejr over demokraten Al Smith. Han var USA’s præsident, da den store verdenskrise brød ud 1929, og det kom til at præge hele hans embedsperiode.
 

Hoover var stærk tilhænger af "Efficiency Movement", som fastslog, at regeringen og økonomien blev undergravet af ineffektivitet og spild, og burde ledes af eksperter, som kunne identificere problemerne og løse dem. Han troede også på vigtigheden af frivilligt arbejde, og af den rolle individer spiller i samfundet og økonomien. Hoover havde skabt sig en formue ved spekulation i minedrift. Da Wall Street-krakket i 1929 ramte mindre end otte måneder efter han tiltrådte, forsøgte Hoover at bekæmpe den efterfølgende store depression med tvangsindsatser, bl.a. offentlige arbejdsprojekter som Hoover Dam. Disse initiativer resulterede dog ikke i en økonomisk genopretning. I 1932 tabte han præsidentvalget til Franklin D. Roosevelt.