Jefferson var en af "The Founding Fathers" og en af mændene bag uafhængighedserklæringen med afsnittet om "at alle mennesker er skabt lige ... og at de af deres Skaber har fået visse umistelige rettigheder, heriblandt retten til liv, frihed og stræben efter lykke".
 

Disse tanker er i eftertiden blevet sammenstillet med, at Jefferson ejede flere hundrede slaver og af fik seks uægte børn med en af dem, Sally Hemings. Jefferson forblev slaveejer til sin død og skulle ved flere lejligheder have udtrykt sig som: "Jeg vil derfor driste mig til at fremsætte den midlertidige hypotese, at de sorte, uanset om de oprindeligt har udgjort en særlig race, eller tiden og omstændighederne har gjort dem til en sådan, er de hvide underlegne såvel fysisk som intellektuelt".
 

Han var yderligere til sine dages ende af den mening, at Amerikas oprindelige indbyggere, indianerne, var mindreværdige, der enten skulle deporteres eller udryddes.